名前の由来は、オスの腹端からジャコウのような匂いを出すことと書かれているが、まだ確認したことがない。本種を除く大型黒色系アゲハチョウ（カラスアゲハ、クロアゲハ、ナガサキアゲハ、ミヤマカラスアゲハ、モンキアゲハ、オナガアゲハ）は全て栽培又は野生種のミカン科を食樹とするが、ジャコウアゲハだけがミカン科ではなく、宿根草の有毒のウマノスズクサを食草とする。これが自生している城山山麓、冨地原、神湊、鐘崎、大島等で生息を確認している。沖ノ島、地島では未確認である。